ציסטוסקופיה היא בדיקה פולשנית שמאפשרת הסתכלות ישירה על הרקמה המכסה את השופכה, ואת השלפוחית.  אופי הבדיקה דומה להכנסה של קטטר לשלפוחית השתן.  אלא, שבבדיקת הציסטוסקופיה הצינור שמוחדר מצויד בסיב אופטי ומקור אור זעיר וניתן לראות את החלל אליו נכנס הסקופ תוך כדי התקדמות.  בכך הפעולה הינה בטוחה יותר בהשוואה להכנסה העיוורת של קטטר.  היות שהסקופ מוחדר לחלל שנמצא באופן טבעי בתמט, ועל מנת שניתן יהיה לראות את פני שטח השופכה והשלפוחית, יש מערכת שמזרימה מים קדימה לסקופ, ובעזרתם החלל חדל להיות בתמט ומתאפשרת צפיה.  המכשיר (הציסטוסקופ) הינו כמעט תמיד גמיש, ואת כיוון קצהו הקדמי ניתן לשנות כדי להוביל אותו בכיוון העיקולים של הגוף או לראות את דפנות חלל השלפוחית.  לביצוע הבדיקה יש צורך בעזרה של איש צוות סיעוד, אשר אחראי על ההכנה של הנבדק, הציוד, הזרמה של המים.  הכיסא בו יושבים הנבדק או הנבדקת הוא כזה עם רגליות דומה למיטה של בדיקת רופא נשים, עם רגליים בפיסוק וכיפוף.
הבדיקה כולה אורכת דקות ספורות לפעמים ממש אפילו רק דקה.  האלחוש הוא מקומי בעזרת ג'ל שעוטף את המכשיר, והוא מהווה בו בעת חומר סיכה שמפחית חיכוך בין המכשיר לחלל השופכה.  לפני הבדיקה יש צורך בחתימה על הסכמה מדעת וגם בהצגת תוצאת בדיקת תרבית שתן שמראה שהשתן סטרילי (תרבית שתן).  במקרים שלא ניתן להגיע לתרבית שתן סטרילית, ניתן לבצע תחת טיפול אנטיביוטי אשר מפחית סיכון לזיהום, בהתאם לחיידק שישנו בשתן.  לפני הבדיקה יש צורך להתרוקן, משום שנוכחות של שתן בשלפוחית מפריעה בגלל העכירות שלו, וכן משום שמונעת מילוי של השלפוחית עם הנוזל שמוזרם דרך הסקופ.
אמנם בדמיון לא מצטיירת חוויה נעימה לנבדק, אבל הבדיקה אינה כואבת, וכאשר הסקופ מחובר לצג (וכך במרבית המקרים), הנבדק או הנבדקת יכולים לראות את כל מה שהבודק רואה, שזה דווקא מעניין ומלמד.